A partire dal 1998, Jean-Christophe Hubert ha curato diverse mostre, in particolare al Musée du Chapitre de Soignies, all'Abbaye du Val-Dieu, al Château d'Aigremont e al Musée d'Art Moderne de Liège per il Ministero del Patrimonio della Regione Vallonia. Nel 2000 ha inaugurato una mostra dedicata all'opera incisa di Rembrandt. Dal 2006 ha partecipato allo sviluppo di siti come il sito di Oud-Sint-Jan a Bruges, il Castello di Waroux ad Ans, il Malmundarium a Malmedy, la Vieille Halle aux cornes a Durbuy o il Pouhon Pierre le Grand a Spa, Ha curato mostre dedicate a Félicien Rops, Auguste Rodin, Claude Monet, Auguste Renoir, Edgar Degas, Jean-Michel Folon, Salvador Dalì, Joan Miro, Henri Matisse, Marc Chagall, René Magritte, Pol Bury e Pierre Alechinsky.
In qualità di curatore del Museo di Lettere e Manoscritti di Bruxelles, ha curato le mostre Georges Simenon, Bruxelles Capitale delle Arti, Maurice Maeterlinck, Hugo Claus e Louis Aragon. Presso la sede di Oud Sint-Jan, gestisce l'esposizione permanente di oltre 200 opere di Pablo Picasso e Joan Miro.
La curatela delle mostre va spesso di pari passo con la scenografia di percorsi pensati per attirare tutti i pubblici e provocare riflessioni. Jean-Christophe Hubert ha così partecipato alla progettazione e alla realizzazione di mostre famose per il loro design, come Made in Belgium, Leonardo da Vinci o Sos Planet.
Nelle sue mostre d'arte, cerca anche di sviluppare scenografie innovative che mostrino i grandi creatori sotto una nuova luce. È il caso di artisti come Marc Chagall - tra sogni e ricordi, Henri Matisse - verso la semplicità della linea e della forma, La scintilla surrealista - il ruolo dell'immagine surrealista, Joan Miro - oltre la pittura, Pablo Picasso - l'illustratore, o l'Impressionismo - il ruolo dell'artista donna.