Dès 1998, Jean-Christophe Hubert occupe le commissariat de plusieurs expositions, notamment au Musée du Chapitre de Soignies, à l’Abbaye du Val-Dieu, au Château d’Aigremont et au Musée d’Art moderne de Liège pour le Ministère du Patrimoine de la Région wallonne. En 2000, il ouvrira une exposition consacrée à l’œuvre gravé de Rembrandt.
Dès 2006, participant au développement de sites comme le Site Oud-Sint-Jan de Bruges, le Château de Waroux à Ans, le Malmundarium de Malmedy, la Vieille Halle aux blés de Durbuy ou le Pouhon Pierre le Grand à Spa, il est commissaire d’expositions consacrées à Félicien Rops, Auguste Rodin, Claude Monet, Auguste Renoir, Edgar Degas, Jean-Michel Folon, Salvador Dali, Joan Miro, Henri Matisse, Marc Chagall, René Magritte, Pol Bury ou Pierre Alechinsky.
En tant que conservateur du Musée des lettres et manuscrits de Bruxelles, il sera commissaire des expositions Georges Simenon, Bruxelles Capitale des Arts, Maurice Maeterlinck, Hugo Claus ou Louis Aragon. Au Site Oud Sint-Jan , il gère l’exposition permanente rassemblant plus de 200 œuvres de Pablo Picasso et Joan Miro.
Le commissariat d’expositions va souvent de pair avec la scénographie de parcours destinés à interpeller tous les publics et à provoquer la réflexion. Jean-Christophe Hubert a ainsi participé à la scénographie et à la réalisation d’expositions célèbres pour leur scénographie comme Made in Belgium, Léonard de Vinci ou Sos Planet.
Dans ses expositions artistiques, il cherche également à développer des scénographies innovantes montrant des grands créateurs sous un jour nouveau. C’est notamment le cas avec des artistes comme Marc Chagall – entre rêves et souvenirs, Henri Matisse – Vers la simplicité de la ligne et de la forme, L’étincelle surréaliste – le rôle de l’image surréaliste, Joan Miro – au-delà de la peinture, Pablo Picasso – l’illustrateur, ou encore L’impressionnisme – le rôle de la femme artiste.